Nuestro puerto nació con la patria misma. El Paraguay surgió a la vera del río, del cual tomó su nombre, el 15 de agosto de 1537, cuando Juan de Salazar y Espinoza fundó la ciudad “Nuestra Señora Santa María de la Asunción”.
Ese primer puerto estaba ubicado en el lugar que actualmente se conoce como “Playa Montevideo”, donde se erigió la primera “Casa Fuerte”. En la década de 1890 se construyeron un sólido murallón, muelles de madera y galpones. A comienzos de 1900 fueron encaradas las obras de oficinas y dependencias de la Aduana.
En 1927 el Estado Paraguayo contrató a la firma norteamericana “Asunción Port Concession Corporation”, para la construcción y equipamiento de un puerto moderno en la bahía de la capital. Dicha firma tuvo la concesión para la administración y explotación hasta el año 1940, año en que el gobierno asumió la administración portuaria.
La actual Administración Nacional de Navegación y Puertos fue creada por Ley Nº 1.066 del 23 de agosto de 1965, como una empresa del Estado Paraguayo, de carácter autárquico, con personería y patrimonio propio.